El 3 de septiembre de 1939, día en que el Reino Unido declaró la guerra a Alemania, el U-30 se encontraba a la altura de la costa noroeste de Irlanda. A las 16,30 horas, iniciaron la persecución de un gran buque que parecía provenir de las islas Británicas.
El buque avistado era el transatlántico de 13.581 toneladas Athenia, con 1.418 tripulantes y pasajeros a bordo, de los cuales 300 eran ciudadanos estadounidenses, es decir, de una nación neutral. Debido a que en los días anteriores los navíos alemanes habían recibido órdenes de actuar dentro del marco de Ley de Presas, el U-30 no podía atacar los buques mercantes a menos que transportaran cargamento enemigo y estuvieran armados, de lo contrario, debían notificarles sus intenciones.
El capitán Fritz-Julius Lemp, de 26 años, esperó hasta la noche para observar el comportamiento del buque. Al percatarse de que no encendía sus luces y que zigzagueaba en su navegación (comportamiento normal en tiempo de guerra), Lemp declaró que bajo esos criterios el haber concluido que era un buque mercante británico con armas a bordo, y a las 19,40 h ordenó el lanzamiento de dos torpedos. Solamente uno alcanzó el objetivo, pero explotó en la mitad del barco y fue suficiente para hundirlo. Era el primer buque hundido en la Segunda Guerra Mundial. A través del mensaje de socorro del Athenia, Lemp se percató de su error pero ordenó alejarse del naufragio. En total, murieron 118 pasajeros de los cuales 28 eran estadounidenses.
El hundimiento del Athenia fue presentado en los medios aliados como un acto de guerra total, dirigido contra los civiles. El 1º Lord del Almirantazgo, Winston Churchill, resaltó al día siguiente que la tragedia podía tener un "efecto beneficioso" en la opinión pública estadounidense. Un caso cuasi calcado al del RMS Lusitania en 1915.
Por otro lado, el gobierno alemán negó que el Athenia hubiera sido hundido por un submarino alemán. La versión oficial fue que el buque fue hundido por los británicos, en un intento de arrastrar a los Estados Unidos a la guerra contra Alemania.
Por su parte, Lemp hizo guardar silencio a su tripulación sobre el incidente. Cuando llegaron a Wilhelmshaven, Lemp y el Comodoro Karl Dönitz, comandante en jefe de las flotillas de submarinos, procedieron a encubrir el incidente.
Su quilla, fue puesta en las gradas de los astilleros AG Weser de Bremen el 24 de enero de 1936, fue botado el 4 de agosto de 1936, y entregado a la Kriegsmarine el 8 de octubre de 1936.
Durante su carrera, el U-30 participó en 8 patrullas con las 2ª, 22ª y 24ª flotillas, en las que hundió un total de 17 buques y consiguió totalizar 86.490 toneladas de registro bruto, incluyendo el arrastrero antisubmarino HMS Barbara Robertson de 325 t de desplazamiento. Una de las minas fondeadas por el U-30 también dañó un vapor mercante de 5.642 t, y al acorazado británico HMS Barham.
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